快捷导航

生物秀人才网[Job.bbioo.com]

打造生物医药领域人才求职与企业招聘的专业平台
[人才首页] [招聘信息] [人才库]

欢迎加入最专业的生命科学交流社区,结交业内好友,体验更多功能。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?注册会员

x
                  
GEO多套数据合并进行分析的确可以增加样本量,并能找到其他新的研究方向。在实际合并的过程中,为了尽可能减小不同套数据的差异,质控(归一化、PCACluster)就显得尤为重要。很多时候我们会碰到PCA或者Cluster的结果特别杂乱,明显重复性特差,这个时候我们可以考虑不对原始的表达数据合并再筛选差异,而是各自进行差异筛选,然后对共有的差异基因进行下一步分析。

首先我们先将各套数据筛选出来的差异列表上传至omicsbean,使用其中的小工具进行Venn分析。
图片1.png
点击右下角launch”即可得到下图(示例图片),我们可以看到两组差异列表中共有17个差异基因,其中9个在两组中表达模式是差别较大(一组中foldchange上调,一组下调),我要取得是同时上调或者同时下调的8个点(17-9),进行下步分析。
图片2.png
选择A,B_nodiffGene”,点击“run”,即可对这8个基因做功能富集。       
图片3.png
功能富集部分结果展示
图片4.png 图片5.png
图片6.png 图片7.png
图片8.png

点评

小琳小 海!外直播 t.cn/RxmJTRa 禁闻视频 t.cn/RJvO78o 阿伦特说:“权威的最大敌人是轻蔑,而破坏它的最有效的方法是嘲笑。”看看网络,这已经是一个全民对“伟大光荣正确”群嘲时代...  发表于 2017-6-14 17:30

共 0 个关于本帖的回复 最后回复于 2017-5-11 17:57

您需要登录后才可以回帖 登录 | 注册会员

本版积分规则

精彩推荐

  • 更新你的简历,加入生物秀人才库,高薪工作
  • 基因编辑峰会支持人类胚胎研究(胚胎、基因
  • 聚焦“基因剪刀”奠基人的科研历程
  • 肠道细菌影响癌症(cancer)治疗成功率(癌症
  • 已开始要求细胞STR鉴定的期刊一览表

明星用户

QQ|关注生物秀|小黑屋|手机版|Archiver|生物秀 ( 沪ICP备12005474号-6 )

GMT+8, 2017-6-29 06:36 , Processed in 0.113793 second(s), 36 queries , Gzip On.