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wkk2013 于 2016-7-26 14:06 发表 [复制链接]

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结束了最近一段时间的忙碌,终于本周可以清闲了一点,闲来无事打发时间也是工作可能会用到,随手写了一个显示sam比对结果的小程序,一来是玩玩,二来也是为了给别人更好更直观的查看变异位点吧,于是开始动手,编程语言首选Java啦,这是自己最熟悉的当然也是因为Java的GUI编程还是比Perl、Python高大上些。确定好用什么语言实现,然后就是整个程序的整体设计了,1)sam文件比较大,不可能一次性读入内存,因此设定程序每次只读取10k行,要想再读更多行内容,可以通过在程序控制面板上人为设置,这样程序运行时并不怎么消耗内存,2)indel如何处理,这个可以解读sam文件的第六行信息做到。设计思路定好后,开始动手了,写完全部程序大概花了一天半时间,算算还是挺快的嘛,恩,上几张图看看怎样,实际效果还是挺好的,~.~。呵呵,附上这个jar程序,欢迎好奇的同志玩玩,只有10k大小,双击直接运行。

indel

indel

samVeiw.zip

4.12 MB, 下载次数: 8, 下载积分: 秀基因 -1 个

共 0 个关于本帖的回复 最后回复于 2016-7-26 14:06

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