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启动子一直扩不出来,一脸懵逼

魯. 于 2017-7-25 16:50 发表在 [求助] [复制链接]

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各位朋友,我要克隆拟南芥一段基因的启动子区域,从ATG上游拉了2500bp的序列,介绍一下这个基因的情况吧:首先它的表达方向和相邻两个基因是反的,同时它和相邻基因中间也就间隔3000bp左右,也就是说在这3000bp的序列中应该包含两个基因的启动子,我用softberry去预测,确实在我拉到的2500bp中是预测出来了2个启动子序列;小弟刚开始做科研,印象中起始密码子上游就应该是utr区,然后接非编码区,但是这个基因是起始密码子上游相邻有几十bp的utr区,接着是800bp左右该基因的内含子,然后再接几十bp的utr区,最后才是2000多bp的非编码区域,大概图示就是这样(来源于TAIR),橘黄色是外显子,红色显示utr区,紫色是外显子,蓝色背景的ATG是起始密码子。克隆了快一个月了,现在已经换了6对引物,酶也换了三种,实验室能弄到的模版我都试过,甚至自己精提了一批DNA,梯度pcr也做过,可还是弄不出来啊,求助该怎么办,我现在只能想到下一步把几对不同引物再组合一下看能不能运气好弄出来,求助各位朋友谁有过相关经验能否分享指点一下,非常感谢!
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共 4 个关于本帖的回复 最后回复于 2017-8-7 20:37

abigen 生物秀才 发表于 2017-7-27 09:59:00 | 显示全部楼层

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你是要扩增CDS区是吧 ?
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abigen 生物秀才 发表于 2017-7-27 09:59:15 | 显示全部楼层

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可以直接从CDS区设计引物就行了  
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魯. 生物秀才 发表于 2017-7-27 10:00:19 来自手机 | 显示全部楼层
abigen 发表于 2017-7-27 09:59
你是要扩增CDS区是吧 ?

我需要扩增启动子区域,cds区已经克隆出来了
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762606653 生物秀才 发表于 2017-8-7 20:37:53 来自手机 | 显示全部楼层
cds区都不会。可不可以教一下
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